1946年，國民政府重組中統(tǒng)特務(wù)組織，剩余的中國憲兵被任命為中統(tǒng)教官，有的甚至在渣滓洞集中營供職服役。(一所監(jiān)獄專門關(guān)押革命黨員）
1949年后大部分逃往臺(tái)灣，解放后少數(shù)被鎮(zhèn)壓槍殺。逃往臺(tái)灣的那部分迅速成為臺(tái)灣特務(wù)的中堅(jiān)力量，在解放后50多年的兩岸特務(wù)戰(zhàn)爭中發(fā)揮了重要作用。
在抗戰(zhàn)中損失慘重的憲兵隊(duì)的最后一個(gè)任務(wù)非常臭名昭著，那就是準(zhǔn)備刺殺毛澤東。
毛澤東主席
但是，由于憲兵內(nèi)部的思想分裂，一些人不愿互相打架，反對暗殺；有些人堅(jiān)決執(zhí)行命令，進(jìn)行暗殺。最終，實(shí)施暗殺行動(dòng)的憲兵隊(duì)在暗殺行動(dòng)中被中共中央近衛(wèi)軍徹底殲滅。
似乎只有少數(shù)人逃脫了。這些人后來繼續(xù)在國民黨一方從事間諜活動(dòng)。那些因?yàn)榉磳Π禋⒍鴽]有參加行動(dòng)的憲兵隊(duì)成員也被分成了兩派。一個(gè)是贊成共產(chǎn)黨，最后去了延安。
由于憲兵隊(duì)是蔣介石的衛(wèi)隊(duì)，所以選拔隊(duì)員非常嚴(yán)格，政治上完全是國民黨。但是，由于憲兵兵素質(zhì)高（都讀過書），結(jié)合當(dāng)時(shí)的實(shí)際社會(huì)情況，很容易在思想上偏向共產(chǎn)黨。最終，共產(chǎn)黨的地下組織得以發(fā)展并在憲兵隊(duì)開展活動(dòng)。
但是，由于憲兵隊(duì)的特殊性，憲兵隊(duì)的中共地下組織很快就被曝光了。組織曝光后，這些憲兵隊(duì)的地下黨員在南京雨花臺(tái)基本被國民黨槍殺?，F(xiàn)在，雨花臺(tái)革命烈士紀(jì)念館一樓的最后一個(gè)部分是憲兵中共烈士展示區(qū)。
